输卵管囊肿形成原因多样。常见类型中，输卵管系膜囊肿多因胚胎发育时残留组织形成囊性结构，属于先天性因素，通常生长缓慢且无症状。

炎症刺激如盆腔炎、子宫内膜异位症可能导致输卵管伞端粘连闭锁，管腔内液体无法排出而积聚形成囊肿。盆腔手术或外伤可能引发局部组织渗出液包裹，形成后天性囊肿。

少数情况下，子宫内膜异位症病灶侵犯输卵管，也可能诱发囊性病变。明确病因需结合病史和超声检查，不同类型囊肿的治疗方案存在差异。